帮助 本站公告
您现在所在的位置:网站首页 > 知识中心 > 文献详情
文献详细Journal detailed

2种叶线虫的转录组测序分析及其FAR蛋白的鉴定

导  师: 谢辉

授予学位: 博士

作  者: ();

机构地区: 华南农业大学

摘  要: 水稻干尖线虫( Aphelenchoides besseyi Christie,1942)和菊花滑刃线虫(Aphelenchoides ritzemabosi(Schwartz,1911) Steiner&Buhrer, l932)属于线虫门( Nematoda)、侧尾腺口纲( Secernentea)、滑刃目( Aphelenchida)、滑刃亚目(Aphelenchina)、滑刃科(Aphelenchoididae)。这两种线虫均是寄生危害植物地上部分的重要植物病原线虫,又被称为叶线虫,分布广泛,危害许多植物。转录组de novo测序是指在不需要物种基因组序列信息的情况下,用新一代高通量测序技术对某一物种特定组织或器官在某一状态下的转录本进行测序、组装得到转录本序列信息。维生素和脂肪酸结合蛋白(FAR)是一种线虫特有的蛋白,参与了线虫中许多重要的生物过程。为了从分子水平上了解水稻干尖线虫和菊花叶枯线虫的发育繁殖和寄生特性,深入解析这两种线虫与寄主相互作用的机制,本论文利用转录组技术,通过Illumina HiSeq?2000平台,首次对水稻干尖线虫两个致病力不同的混合虫态种群和菊花叶枯线虫的1个混合虫态种群进行测序和基因功能注释分析,在此基础上获得了菊花叶枯线虫的FAR,并对该蛋白的功能进行了研究,取得了以下主要结果:  1.以具有不同致病力的2个水稻干尖线虫混合虫态种群为材料,获得了该线虫两个混合虫态种群的基因表达谱。在N10和S24种群中分别获得了24,896和27,690个unigenes,经过混合拼装后,最后得到了25,163个unigenes,N50和平均长度分别为1,192 bp和1,739 bp,经过功能注释后,共有17,087个unigenes注释到5个数据库中;一共注释到了20,011个CDs,其中16,969个unigenes可以直接比对到蛋白数据库;剩余的3,042个 unigenes通过 ESTScan预测其氨基酸序列方向。水稻干尖线虫的unigenes和7种获得全基因组信息的线虫蛋白同源性比对结果显示,水稻干尖线虫和松材线虫的亲缘关系最近。另�

关 键 词: 水稻干尖线虫 菊花叶枯线虫 转录组 脂肪酸 维生素 结合蛋白

领  域: []

相关作者

作者 周万琴
作者 董合玲
作者 胡明溥

相关机构对象

机构 华南理工大学工商管理学院
机构 暨南大学
机构 华南农业大学

相关领域作者