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逆转录微滴数字PCR技术检测蔬果中GⅠ型及GⅡ型诺如病毒

导  师: 吴希阳

授予学位: 硕士

作  者: ();

机构地区: 暨南大学

摘  要: 在世界范围内,有大于50%的急性肠胃炎事件是由诺如病毒所造成。它主要传播途径为“粪--口”传播,常受到污染的食品有蔬菜,软质水果,贝类等。目前反转录荧光定量PCR(qPCR)法是现今检测诺如病毒的“金标准”,然而在qPCR检测中,若样品存在PCR抑制物,则会降低其灵敏度和准确性,易造成假阴性。同时qPCR法需要依赖Ct值和标准曲线的准确性才能对样品进行定量分析,存在一定的不确定性,难以检测微小的拷贝数变化,灵敏度有限也是qPCR的一个缺点。鉴于诺如病毒是一种高感染性病毒,在食品中的病毒量通常偏低,因此为了提高对诺如病毒检测的灵敏度,本研究采用微滴数字PCR仪,建立一步法检测食品中诺如病毒GI型及GII型的方法(RT-ddPCR),对果蔬食品中低含量的诺如病毒进行检测,并与现有的qPCR检测标准方法所得结果进行对比。研究结果如下:1.采取应用在qPCR方法上的诺如病毒GI型及诺如病毒GII型的引物对及探针,通过优化退火温度及引物、探针浓度,建立诺如病毒GI型及GII型的RT-ddPCR检测体系。同时通过构建的阳性质粒,确定RT-ddPCR的检测范围。利用其他常见的肠道病毒核酸(非诺如病毒)作为反应模板,与诺如病毒同时进行RT-ddPCR反应,判定反应体系的特异性,并通过不同时间多次检测样品的方式判断该检测方法的稳定性。结果发现,一步法RT-ddPCR的诺如病毒GI型最高检测限为4.86×10~4 copies/μL,最低检测限为4.86 copies/μL,标准曲线相关系数可达0.996;构建的检测诺如病毒GII型的体系最高检测限为8.47×10~4 copies/μL,最低检测限为8.47 copies/μL,标准曲线相关系数达0.997。以上两种方法特异性良好,稳定性测试显示组间CV小于3%,说明具有良好的重复性。2.在已建立的独立的一步法微滴数字PCR检测诺如病毒的体系基础上,研究开发双重微滴数字PCR同时检测诺如病毒GI型和G

关 键 词: 诺如病毒 诺如病毒 生菜 草莓

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作者 刘海琦
作者 苏梦
作者 郭珊珊
作者 王广文

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机构 暨南大学
机构 华南师范大学
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机构 华南理工大学
机构 广东外语外贸大学

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