导　　师： 杜红丽;蒋慧

授予学位： 硕士

作　　者： (）;

机构地区： 华南理工大学

摘　　要： 转录组是特定组织或细胞在某一发育阶段或功能状态下转录出来的所有RNA的集合。利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序,可以全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。由于RNA样本存在时间和空间特异性,尤其是疾病组织、珍贵样品以及单细胞等样品通常非常有限,最终能够提取获得RNA量可能是在ng甚至pg级别,而且随着科学研究的深入,这类样品必然越来越多,所以解决微量RNA样品测序研究方法的建立迫在眉睫。本研究主要选用3种国内外学者使用较多的微量RNA样品扩增试剂盒(SMARTer?PCR cDNA Synthesis Kit,The Ovation RNASeq System and TransPlex R○Complete Whole Transcriptome Amplification Kit)方法与常规转录组方法进行比较,筛选最优的微量RNA样本高通量测序的方法,然后采用标准品和非标准品RNA对研究方法进行重复性、稳定性的评估和验证。首先,使用RNA标准品UHRR(Universal Human Reference RNA)分别设置起始量为2ng和10ng进行扩增、建库和测序,对扩增方法进行初步筛选。在Hiseq2000平台进行PE90测序,下机数据在基因比对率、外显子比对率、内含子比对率、间区比对率、QPCR相关性、基因覆盖度和随机性方面与常规转录组进行了比较分析,发现采用SMARTer?PCR cDNA Synthesis Kit进行扩增的样品结果最接近常规转录组方法。其次,对于出筛的方法,利用UHRR和HBRR(Human Brain Reference Total RNA)两种标准品分别通过2ng、10ng、50ng和100ng对实验条件、数据重复性和相关性等进行进一步评估。最后采用人外周血细胞提取的Total RNA样本进行方法的验证。最终确认利用SMARTer?PCR cDNA Synthesis Kit进行扩增的流程和条件为研究微量RNA样品的最优方法。本文建立的微量RNA样品研究方法是基于多次实验结果的稳定、可靠方法,适用于大多数真核生物微量转录组的研究,不仅解决了微量RNA�

关 键 词： 扩增 转录组 文库 测序

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