导　　师： 王筠;盛司潼

授予学位： 硕士

作　　者： (）;

机构地区： 深圳大学

摘　　要： 结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是全球高发恶性消化道肿瘤之一。虽然近年来结直肠癌的诊断和治疗手段已有了很大的改善,但其死亡率仍居高不下,且分子发病机制也并未清晰明了。因此,寻找结直肠癌诊断及对结直肠癌发生发展精准干预的靶点始终是其防治领域的研究热点。于是,本研究基于生物信息技术,高通量筛查与结直肠癌发病、病变程度和预后相关的潜在生物标记物,并试图发现结直肠癌潜在的新致病基因和用于诊断治疗的新生物标记物,以及揭示它们潜在的生理与病理功能。我们首先从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中筛选并下载符合标准的芯片数据,共获得161例结直肠癌组织和136例正常结直肠组织的基因芯片数据。然后,通过ComBat方法消除不同来源芯片数据之间存在的批次效应,并使用‘limma’R软件包筛选差异表达基因,结果共发现了1776个差异表达基因,包括742个上调基因和1024个下调基因。并对结直肠癌组织的基因芯片数据运用加权基因共表达网络分析,将差异表达基因聚类为7个模块。随后,依据模块的保守性分析,最后选择黑色和粉色模块为研究的对象,对它们进行基因富集分析。分析结果显示,除Ras、PI3K-Akt和MPKA等常见的与癌症相关的信号通路外,细胞因子-细胞因子受体相互作用和趋化因子信号通路很可能参与了结直肠癌的发生与病变进程。此外,利用癌症和肿瘤基因图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)对黑色和粉色模块中的差异表达一致的基因进行生存分析,我们发现FDCSP、FAM46C、SLAMF7、MS4A1、NEDD9、PLAGL2、CACNA1D和RUBCNL 8个基因的表达与患者的5年生存期之间存在着显著的相关性。但PLAGL2、CACNA1D和RUBCNL这3个基因的患者5年生存期之间存在交点,说明它们随患者的影响是非单因素的。进一步对FDCSP、FAM46C、SLAMF7、MS4A1和NEDD9 5个基因使用

关 键 词： 结直肠癌 加权基因共表达网络分析 模块 信号通路 生存分析

领　　域： []