导　　师： 杜红丽;张钰

授予学位： 硕士

作　　者： (）;

机构地区： 华南理工大学

摘　　要： Wistar、Goto-Kakizaki(GK)、Brown-Norway(BN)及Sprague-Dawley(SD)为四种常用品系的大鼠,一般作为动物模型广泛应用于多种药物和疾病机制等研究中。遗传检测技术是实验动物遗传质量控制的重要手段之一,随着基因组学研究的不断进步,单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记逐渐被应用于各种实验动物的遗传检测中,而且相比于传统的遗传检测方法,利用SNP标记具有多种显著优势,因此,在大鼠的遗传控制检测中SNP可成为理想的遗传标记。本研究基于高通量测序技术、生物信息学分析技术、一代测序技术及DNA混合池法开发出了两组不同用途的SNP遗传标记,具体内容包括:(1)首先对Wistar大鼠和GK大鼠进行全基因组重测序,利用生物信息学技术将重测序结果比对到BN大鼠参考基因组,筛查到Wistar大鼠和GK大鼠基因组范围内的特异性SNP。Wistar和GK大鼠分别得到94800和106019个纯合特异性SNP,其中有56216个SNP为Wistar和GK大鼠所共有,且发现BN大鼠参考基因组、Wistar大鼠和GK大鼠三者基因型互不相同的位点仅有38个,从中挑选了15个作为第一组候选SNP位点(Panel1)用以鉴别大鼠品系。另外,对于检测出的杂合SNP,在每条常染色体随机挑选1个组成了28个SNP作为第二组候选位点(Panel2),用以评估大鼠群体的遗传多样性。(2)利用一代测序技术对第一组候选SNP位点及其上下游进一步筛查,最终得到的13个可用于快速鉴别Wistar、GK、BN和SD四种品系大鼠的SNP标记,分别命名为SNP4、SNP5、SNP6、SNP9、SNP12、SNP13和SNP14、SNP16、SNP17、SNP18、SNP19、SNP20、SNP21,其中,SNP13可以直接鉴别出Wistar、GK、BN和SD四种大鼠,SNP16和SNP17可直接鉴别出SD大鼠,SNP18和SNP19可直接鉴别出GK大鼠,SNP20和SNP21可直接鉴别出BN大鼠,而SNP4、SNP5、SNP6、SNP9、SNP12和SNP14可以鉴别出GK和BN大鼠。且利用DNA混合池法扩大样本验证了这些位点在群体中

关 键 词： 单核苷酸多态性 大鼠 测序 混合池

领　　域： []