导　　师： 王颖芳

授予学位： 硕士

作　　者： ;

机构地区： 广东药科大学

摘　　要： 目的:以15年生石柱参、6年生园参为研究对象，运用高通量测序技术构建人参small RNA、转录组及降解组数据库。鉴定两种人参中所含miRNA的种类，筛选差异表达miRNA，并进行靶基因预测、验证及分析。　　方法：　　1、选用Trizol法抽提园参、石柱参总RNA，经琼脂糖凝胶电泳、TGem微量分光光度计、Agilent2100 Bioanalyzer检测总RNA的质量、纯度及完整性。　　2、利用Illumina HiSeqTM2000测序仪进行园参、石柱参转录组测序，经短序列组装拼接获得两样本的Non-All-Unigene，将其与Nr、KOG、KEGG、GO等数据库比对分析，得到Unigene的蛋白功能注释及代谢通路信息。筛选样本间差异表达mRNA，进行GO、KEGG富集分析，利用Q-PCR对差异mRNA进行验证。　　3、构建园参、石柱参small RNA文库，以Unigene为参考基因组序列。将获得的Clean reads与Rfam、Gene、Repbase及miRBase21.0数据库比对，得到已知miRNA并统计其表达量;未比对上的序列用于新miRNA的预测。筛选样本间差异miRNA，进行靶基因预测及KEGG、GO富集分析，采用Q-PCR对差异miRNA进行验证。　　4、构建两样本降解组数据库，获得原始序列与Rfam、Genbank、PolyN等数据库比对，得到cDNA-sense。cDNA-sense与Unigene、已知miRNA进行miRNA降解位点的鉴定与分析后，再与Nr、KEGG和GO数据库比对，获得降解基因的功能注释信息。　　结果：　　1、琼脂糖凝胶电泳显示，两样本总RNA的28S、18S条带清晰完整，亮度接近2倍;Agilent2100 Bioanalyzer质检可见OD260nm/OD280nm比值在1.8～2.1范围，OD260nm/OD280nm比值在2.0～2.3，RIN＞7.0，RNA浓度>900ng/μL，28S/18S＞1.0，即总RNA质量满足高通量建库的标准。　　2、两样本转录组测序获得5千多万条reads，经De Novo拼接获得63875条去冗余Unigene。对Unigene进行功能注释，有19340条Unigene被归类到25个组蛋白直系KOG类别，20778条Unigene被归类为64个G

关 键 词： 长白山人参 差异表达 靶基因鉴定 高通量测序

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