帮助 本站公告
您现在所在的位置:网站首页 > 知识中心 > 文献详情
文献详细Journal detailed

辣椒DnaJ基因家族:鉴定、结构特征及表达分析

导  师: 康云艳

授予学位: 硕士

作  者: ();

机构地区: 华南农业大学

摘  要: 为了适应不断变化的环境,植物在长期的生长发育过程中进化出许多应答机制,包括诱导产生热激蛋白。DnaJ蛋白也称热激蛋白40,作为热激蛋白家族中的一类胁迫响应因子,广泛存在于植物细胞中,在许多生物及非生物胁迫响应中扮演着重要角色。DnaJ蛋白家族成员具有分子伴侣的特性,通常作为热激蛋白70的辅伴侣分子,在植物生长发育和应激反应中发挥着重要作用。随着辣椒全基因组测序的完成,利用生物信息学手段研究辣椒Dna J基因家族成为可能。本研究利用生物信息学方法,鉴定了辣椒全基因组序列中的全部Dna J家族基因,并进行结构特征和表达分析;在此基础上,进一步分析了DnaJ基因在有辣味和不辣辣椒中的表达差异。  1.利用生物信息学方法鉴定出76个辣椒DnaJ蛋白,并依次命名为基因CaDnaJ01到CaDnaJ76。按照结构(是否含有完整的三个域:J结构域、锌指结构域、C端结构域)可将它们分为A、B、C、D、E五类,按序列同源性可分为I、II、III、IV、V、VI和VI I七个亚家族。  2.我们对76个CaDnaJ基因进行染色体定位后发现,这些基因不均匀的分布在辣椒12条染色体上。其中6个基因参与基因重复,包括一次连续重复(CaDnaJ41/CaDnaJ42)和两次片段重复(CaDnaJ04/Ca DnaJ44,CaDnaJ19/CaDnaJ67)。  3.分析CaDnaJ基因启动子区域的顺式元件,可分为两类主要的顺式元件,包括应激反应和激素应答。应激反应包含HSE、LTR、TC等丰富的顺式作用元件,分别响应热环境、低温和植物防御;激素应答包含了TC A元件、TGA元件、GARE模块、CGTCA模块、ABRE和ERE,分别响应SA、IAA、GA、MeJA、ABA和乙烯。结果表明,CaDnaJ基因可能参与了植物响应多种胁迫的过程。  4.通过对辣椒根、茎、叶和不同阶段的果皮和胎座中DnaJ基因RNA-seq数据分析发现,76个CaDnaJ基因中有29个基

关 键 词: 辣椒 基因 结构特征 差异表达 生物信息学

领  域: [] []

相关作者

作者 林力
作者 魏晓伟
作者 丁元
作者 张自力
作者 温冰

相关机构对象

机构 暨南大学
机构 华南师范大学
机构 华南理工大学
机构 广东金融学院
机构 广州大学教育学院心理学系

相关领域作者