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文献详细Journal detailed

基于E基因的非洲型寨卡病毒QPCR检测方法的建立及生物信息学分析

导  师: 赵卫

授予学位: 硕士

作  者: ();

机构地区: 南方医科大学

摘  要: 寨卡病毒(ZIKV)属黄病毒属,是一种通过节肢动物传播的病毒(虫媒病毒)。目前,ZIKV可以分为两个主要谱系,包括非洲谱系、亚洲谱系。1947年,ZIKV首次在非洲的恒河猴中被发现,接下来的数十年间,ZIKV一直属于“睡眠状态”,只引起散在传播,而且症状较轻,具有自限性。直至2015年,ZIKV在亚洲、非洲以外的巴西首次大面积爆发流行,并迅速向全球其他地区传播。此次爆发的特点包括患者人数激增、传播范围扩大、出现严重并发症(如GBS、新生儿小头畸形等),ZIKV感染严重威胁到人类健康。在2016年ZIKV疫情爆发成为了国际关注的突发公共卫生事件。根据流行毒株的系统发育分析得知,引起近年爆发流行的毒株均属亚洲谱系。  本研究建立了基于E基因的非洲型寨卡病毒实时荧光定量PCR检测方法。通过针对ZIKV非洲型标准株MR766(AY632535.2)的E基因编码区设计出上下游引物及探针,开展了相关的特异性、重复性、敏感性的实验,利用本实验室保存的1-4型登革病毒株、HCV-1b RNA、亚洲型寨卡病毒Z16006株、乙脑病毒疫苗株、基孔肯雅病毒验证了本方法所设计引物的特异性;本研究的灵敏度测试结果表明,2.47×101copies/μl与2.47×100copies/μl的检测尚不够稳定,2.47×100copies/μl检测结果阳性为概率事件,故不能作为绝对定量的依据。因此,本方法可应用于临床疑似标本的检测,能实现非洲型ZIKV的早期快速检测、鉴别诊断及标本中的病毒定量。  ZIKV E蛋白通过与宿主细胞表面受体结合介导病毒进入宿主细胞,从而开始ZIKV的感染周期,是启动ZIKV进入宿主细胞的关键因素,而且参与了病毒复制周期的全过程。通过对两个谱系E蛋白氨基酸序列的位点进化方向进行分析,发现氨基酸位点的变化引起了非洲型ZIKV、亚洲型ZIKV E蛋白B细胞表位的改变,同时�

关 键 词: 寨卡病毒 非洲谱系 荧光定量 检测 基因 生物信息学

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