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文献详细Journal detailed

基于高通量测序技术膀胱癌的尿液菌群特征分析

导  师: 吴芃

授予学位: 硕士

作  者: ();

机构地区: 南方医科大学

摘  要: 背景膀胱癌的发生受内在遗传因素和外在环境因素共同调控。既往膀胱癌病因学研究关注于膀胱本身,忽略了外环境对膀胱上皮的影响。微生物是人体微环境的重要组成部分,人体共生微生物已被证实在调节机体生理功能中发挥重要作用,同时还影响肿瘤的发生与进展。既往认为“健康泌尿道是无菌的”,随着新技术革新,现已证实健康人泌尿道同样常驻着特定的微生物群落。同时,多项研究表明尿液菌群失调与多种泌尿系统疾病相关,如膀胱过度活动症、急迫性尿失禁和前列腺癌等,并且多种证据提示尿液菌群与膀胱癌的发生、进展以及预后存在某种联系。本研究旨在比较膀胱癌患者与健康人群的尿液菌群特征差异,探讨尿液菌群与膀胱癌之间的关系,寻找膀胱癌的潜在生物标志物以及预防和治疗的新靶点。方法1.研究对象纳入2017年3月至9月在南方医科大学南方医院泌尿外科诊断为膀胱癌的患者,对照组为同单位体检中心健康志愿者。本研究通过南方医科大学伦理委员会审核与批准,所有研究对象均了解相关情况并签署书面知情同意书。所有参与者填写相关问卷表。2.DNA提取、16srDNA高通量测序留取清洁中段尿液30~50 ml,使用DNeasy(?)Blood&Tissue试剂盒提取总DNA,分光光度计检测DNA质量,采用V4区通用引物进行PCR扩增,最后于Illumina MiSeq平台进行高通量测序。3.生物信息学分析将测序数据导入QIIME软件,进行质量过滤、操作分类单位聚类和物种分类注释,然后进行α多样性和β多样性分析,并通过PERMANOVA比较样品间是否存在差异。LEfSe进一步鉴别组间显著差异的细菌分类群,并通过线性判别分析其影响力。PICRUSt预测相应的细菌代谢功能谱。4.统计学方法采用SPSS22处理数据。计量资料用X±s表示,组间比较采用Mann-Whitney U检验。计数资料采用例(%)表示,两组资料的比较�

关 键 词: 膀胱癌 泌尿道 微生物 炎症

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