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翘嘴鳜淀粉酶基因SNPs和微卫星位点多态性的检测
Detection of SNPs and SSR of amylase(AMY) gene in Siniperca chuatsi

作  者: ; ; ; ; ;

机构地区: 暨南大学生命科学技术学院生物工程学系

出  处: 《暨南大学学报(自然科学与医学版)》 2013年第1期96-100,共5页

摘  要: 本研究主要检测翘嘴鳜淀粉酶(amylase,AMY)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)和微卫星位点多态性.实验采用PCR产物直接测序法(PCR-direct sequencing,PCR-DS)检测翘嘴鳜AMY基因组序列的SNPs和微卫星位点,并使用创造限制酶切位点PCR法(created restriction sites PCR,CRS-PCR)和PCR-DS法对SNPs进行分型,应用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测AMY基因微卫星位点的多态性.实验结果发现AMY基因第1内含子有一个SNP位点A1,第5内含子有3个SNPs位点(A2、A3和A4);此外,第5内含子中还存在一个微卫星位点B1,共检测到4个等位基因,有9种单倍型.在翘嘴鳜群体中,4个SNP位点呈中度遗传多样性,而微卫星位点表现出高度遗传多样性. The aim of our research is to detect the single nucleotide polynmrphism (SNP) and simple sequence repeats(SSR) of amylase gene in Siniperca chuatsi. PCR-direct sequencing (PCR-DS) method was used to locate the SNPs and SSRs, then SNPs genotyping was carried out with created restriction sites PCR(CRS-PCR) and PCR-DS method, and polyacrylamide gel electrophoresis was used to check the polymorphism of SSR. The results indicated that there are one SNP locus A1 in intron 1 of AMY gene and three SNPs (A2, A3 and A4) in intron 5. In addition, a SSR locus B1 locating in intron 5 shows 4 alleles and 9 haplotypes in total.

关 键 词: 淀粉酶 翘嘴鳜 单核苷酸多态性 微卫星

领  域: [生物学]

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