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协同快速退火演化算法识别蛋白质家族模体

作  者: ; ; ; ; ;

机构地区: 中山大学化学与化学工程学院

出  处: 《科学通报》 2006年第19期2242-2246,共5页

摘  要: 将快速退火演化算法(fastannealingevolutionaryalgorithm,FAEA)与协同方法相结合,提出了一种用于求解高维的全局优化问题的新方法——协同快速退火演化算法(cooperativefastannealingcoevolutionaryalgorithm,CFACA).首先将高维的解空间分解成多个一维的子空间,再在每个子空间里利用单个独立的FAEA搜索该子空间里的最优子解,最后将各子解结合在一起,即构成了原来问题的一个解.基准函数测试的结果表明,CFACA算法具有更快的收敛速度.进一步用CFACA算法提取EGF蛋白质家族的模体,正确识别率达到67.0%,所提取的模体与蛋白质功能位点数据库PROSITE中的结果相吻合.

关 键 词: 全局优化 协同方法 快速退火 演化算法 蛋白质模体

领  域: [理学] [理学]

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